Sadržaj
- Što je genotip i fenotip?
- Objašnjenje genotipizacije HIV-a
- Objašnjenje fenotipizacije HIV-a
- Kada se provodi test genetske rezistencije?
Kada se dogodi neuspjeh u liječenju, moraju se odabrati alternativne kombinacije lijekova kako bi se suzbila nova populacija rezistentnog virusa. Ispitivanje genetske rezistencije pomaže to olakšati identificiranjem vrsta rezistentnih mutacija u "virusnom fondu" osobe, istodobno utvrđujući koliko su ti virusi osjetljivi na moguća antiretrovirusna sredstva.
Za ispitivanje genetske rezistencije na HIV koriste se dva osnovna alata: HIV genotipski test i Fenotipski test na HIV.
Što je genotip i fenotip?
Po definiciji, genotip je jednostavno genetski sastav organizma, dok su fenotip uočljive osobine ili osobine tog organizma.
Genotipski pokusi (ili genotipizacija) funkcioniraju identificiranjem naslijeđenih uputa unutar genetskog kodiranja stanice ili DNA. Fenotipski pokusi (ili fenotipizacija) potvrđuju izražavanje tih uputa pod utjecajem različitih uvjeta okoliša.
Iako veza između genotipa i fenotipa nije apsolutna, genotipizacija često može predvidjeti fenotip, posebno kada se promjene u genetskom kodu odnose na očekivane promjene u svojstvima ili karakteristikama - kao u slučaju razvoja rezistencije na lijek.
Fenotipizacija, s druge strane, potvrđuje "ovdje i sada". Cilj mu je procijeniti reakciju organizma na specifične promjene u okolišnom pritisku, primjerice kada je HIV izložen različitim lijekovima i / ili koncentracijama lijekova.
Objašnjenje genotipizacije HIV-a
HIV genotipizacija je općenito najčešća tehnologija koja se koristi za ispitivanje otpornosti. Cilj je ispitivanja otkriti specifične genetske mutacije u geg-pol regija virusa ' genom (ili genetski kod). Ovo je područje u kojem su enzimi reverzne transkriptaze, proteaze i integraze - ciljevi većine antiretrovirusnih lijekova - kodirani na lancu DNA.
Prvo pojačavanjem genoma HIV-a pomoću tehnologije lančane reakcije polimeraze (PCR), laboratorijski tehničari mogu sekvencirati (ili "mapirati") genetiku virusa pomoću različitih tehnologija za otkrivanje mutacija.
Tezajske mutacije (ili nakupljanje mutacija) tumače tehničari koji analiziraju vezu između identificiranih mutacija i očekivane osjetljivosti virusa na različite antiretrovirusne lijekove. Internetske baze podataka mogu pomoći uspoređivanjem testne sekvence s onom prototipa virusa "divljeg tipa" (tj. HIV koji ne sadrži rezistentne mutacije).
Interpretacija ovih testova koristi se za određivanje osjetljivosti na lijek, s većim brojem ključnih mutacija koje daju višu razinu rezistencije na lijek.
Objašnjenje fenotipizacije HIV-a
Fenotipizacija HIV-a procjenjuje rast HIV-a osobe u prisutnosti lijeka, a zatim ga uspoređuje s rastom kontrolnog virusa divljeg tipa u istom lijeku.
Kao i kod genotipskih testova, fenotipski testovi pojačavaju gag-pol područje genoma HIV-a. Ovaj se dio genetskog koda zatim "cijepi" na klon divljeg tipa pomoću tehnologija rekombinantne DNA. Rezultirajući rekombinantni virus koristi se za zarazu stanica sisavaca in vitro (u laboratoriju).
Zatim se virusni uzorak izlaže rastućim koncentracijama različitih antiretrovirusnih lijekova dok se ne postigne 50% i 90% virusne supresije. Zatim se koncentracije uspoređuju s rezultatima kontrolnog uzorka divljeg tipa.
Relativne promjene "nabora" daju raspon vrijednosti kojim se određuje osjetljivost na lijek. Četverostruka promjena jednostavno znači da je za postizanje virusne supresije bila potrebna četiri puta veća količina lijeka u odnosu na onu divljeg tipa. Što je veća vrijednost nabora, virus je manje osjetljiv na određeni lijek.
Te se vrijednosti zatim stavljaju u donji klinički i gornji klinički raspon, s gornjim vrijednostima koje daju višu razinu rezistencije na lijek.
Kada se provodi test genetske rezistencije?
U SAD-u se testiranje genetske rezistencije tradicionalno provodi na liječenim naivnim pacijentima kako bi se utvrdilo imaju li "stečenu" rezistenciju na lijekove. Studije u SAD-u sugeriraju da će između 6% i 16% prenesenog virusa biti rezistentno na barem jedan antiretrovirusni lijek, dok će gotovo 5% biti rezistentno na više vrsta lijekova.
Ispitivanje genetske rezistencije također se koristi kada se sumnja na otpornost na lijek kod osoba na terapiji. Testiranje se provodi dok pacijent uzima neuspješni režim ili u roku od četiri tjedna od prekida liječenja ako je virusno opterećenje veće od 500 kopija / ml. U tim se slučajevima uglavnom daje prednost genotipskim ispitivanjima jer koštaju manje, imaju brže vrijeme obrade i nude veću osjetljivost za otkrivanje mješavina divljeg i rezistentnog virusa.
Kombinacija fenotipskog i genotipskog ispitivanja općenito je poželjna za osobe sa složenom otpornošću na više lijekova, posebno za one izložene inhibitorima proteaze.